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Proyectos de investigación

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Estudio genómico y transcriptómico de linfocitos tumorales circulantes para el desarrollo de biomarcadores asociados con la respuesta al tratamiento con inhibidores de la vía PD-L1/PD1 en pacientes con CPNM

XVIII Concurso Nacional para la Adjudicación de Ayudas a la Investigación en Ciencias de la Vida y de la Materia

Inmunoterapia y cáncer

Investigador Principal: Ángel Carracedo Álvarez

Centro de investigación o Institución: Fundación Pública Gallega de Medicina Genómica. Santiago de Compostela.

Sinopsis

En los análisis transcriptómicos observamos una diferencia estadísticamente significativa en la variación del % de células T CD8+ en R vs NR entre t0 y t1 (p=0.049; Two-tailed unpaired student T test). También se encontró un descenso significativo en esta población de células CD8+ en no respondedores entre t0 y t1 (p=0.001). Estos datos sugieren que la inmunoterapia puede revitalizar la actividad de las células T, y que esta población celular se ve significativamente en pacientes que no responden bien al tratamiento.

Se comparó la expresión entre células PD1+ y PD1- en muestras pareadas del mismo paciente a los distintos tiempos y a las distintas respuestas. En general en los resultados, se observa poco solapamiento entre los distintos grupos comparativos, lo cual es indicativo de que existen diferentes rutas que median las respuestas dependiendo del estatus PD1, respuesta o momento del tratamiento.

Se realizaron además análisis de pathways con tres métodos distintos: GSEA para determinar sets de genes enriquecidos diferencialmente entre los distintos grupos fenotípicos, clasificación PANTHER para encontrar pathways enriquecidas las listas de genes diferencialmente expresados de manera significativa, y clasificación DAVID para encontrar si las listas de genes expresados o subexpresados significativamente forman genes clusters clasificados por anotaciones funcionales.

Respecto a la carga mutacional circulante, recientemente ha comenzado la secuenciación de ctDNA extraído de 52 muestras de plasma (25 a t0, 18 a t1, y 9 a t2), y de DNA de 18 muestras pareadas de tumor parafinado. Se podrán observar variantes en 197 genes relacionados con cáncer, y comparar las variantes detectadas en plasma y en tumor primario del mismo paciente, observar cambios en estas variantes a lo largo del tiempo en el mismo paciente, y calcular tumor mutation burden (TMB) para encontrar una posible relación entre la cantidad de mutaciones no-sinónimas y la respuesta del paciente al tratamiento.

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