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Proyectos de investigación

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Estudio global del interactoma proteico virus-huésped mediante el empleo de doble híbrido acoplado a análisis mediante secuenciación masiva

XIX Concurso Nacional para la adjudicación de Ayudas a la Investigación en Ciencias de la Vida y de la Materia (Convocatoria 2018)

Diálogo intercelular e interactoma: implicaciones patológicas

Investigador Principal: Margarita Salas Falgueras

Centro de investigación o Institución: Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa". CSIC-Universidad Autónoma de Madrid

Sinopsis

El ciclo de replicación de un virus dentro de una célula depende de un gran número de interacciones moleculares. El objetivo de este proyecto es aplicar las tecnologías “-ómicas” o de análisis masivo para el estudio de, eventualmente, todas las interacciones proteína-proteína (PPI) en un determinado modelo virus-células mediante la modificación de métodos ya conocidos, como el doble híbrido de levaduras (Y2H). En nuestro caso, nos planteamos el análisis global de las PPI en el modelo formado por el virus Bam35 y la bacteria Bacillus thuringiensis. Bam35 es el virus modelo de los betatectivirus, un grupo de virus bacteriófagos sin cola de la familia Tectiviridae, cuyo interés ha aumentado mucho en los últimos años por su posible relación evolutiva con diversos grupos de virus eucariotas.

El primer paso del proyecto ha sido la obtención de una secuencia completa del genoma de B. thuringiensis HER140, una estirpe conocida por ser hospedador de gran variedad de fagos de Bacillus y particularmente útil en el estudio de Bam35. Esto ha permitido la identificación de tres plásmidos: pLUSID1, probablemente implicado en virulencia; pLUSID2, potencialmente relacionado con esporulación; y un profago plasmídico, pLUSID3, cuya integración en el cromosoma causa la interrupción de un gen clave para la formación del flagelo. Además, hemos detectado una posición singular para el gen cry1Ba4 de esta cepa, en una isla genómica cercana al origen de replicación del cromosoma. Análisis filogenéticos de esta cepa la han situado cerca de B. thuringiensis sv. entomocidus y próxima a diferentes estirpes de B. thuringiensis y B. cereus s. s., de acuerdo con la entremezclada taxonomía del grupo de B. cereus (Lechuga et al. 2020).

A continuación, hemos generado y analizado en detalle, mediante secuenciación masiva, una librería genómica basada en fragmentos de B. thuringiensis HER1410, adecuada para análisis de dos híbridos de levadura. Hemos generado un proceso bioinformático personalizado para el análisis de los resultados que ha revelado que nuestra librería genómica de HER1410, que comprende el 10% de los genes bacterianos, ha permitido el cribado de más de 80.000 posibles interacciones proteína-proteína (PPI) entre Bam35 y su anfitrión. 

Nota: el profesor Modesto Redrejo Rodríguez es el investigador principal de este proyecto, desde el fallecimiento de doña Margarita Salas Falgueras, en noviembre de 2019.

 

Producción Científica
 
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