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Proyectos de investigación

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Estudio global del interactoma proteico virus-huésped mediante el empleo de doble híbrido acoplado a análisis mediante secuenciación masiva

XIX Concurso Nacional para la adjudicación de Ayudas a la Investigación en Ciencias de la Vida y de la Materia

Diálogo intercelular e interactoma: implicaciones patológicas

Investigador Principal: Margarita Salas Falgueras

Centro de investigación o Institución: Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa". CSIC-Universidad Autónoma de Madrid

Sinopsis

El desarrollo reciente de métodos de análisis masivo de datos permite el estudio de los sistemas biológicos desde un punto de vista global, en el que todos y cada uno de sus elementos son analizados. De esta forma, se pueden analizar, por ejemplo, todas las interacciones proteína-proteína (PPI) en un determinado modelo biológico mediante la modificación de métodos ya conocidos, como el doble híbrido de levaduras (Y2H). Este proyecto plantea el análisis global de las PPI por primera vez en un modelo virus-huésped formado por el virus Bam35 y su hospedador natural, la estirpe HER1410 de Bacillus thuringiensis. Bam35 es el virus modelo de los betatectivirus, un grupo de virus sin cola de la familia Tectiviridae, cuyo interés ha aumentado mucho en los últimos años por su posible relación evolutiva con diversos grupos de virus. Los betatectivirus son virus lisogénicos que infectan bacterias Gram-positivas del grupo B. cereus sensu lato, formado por B. cereus, B. anthracis y B. thuringiensis. Se trata por tanto de bacterias con gran interés biomédico y biotecnológico.

Para poder detectar el mayor número de interacciones entre proteínas del virus y de la bacteria, utilizaremos una colección de plásmidos “cebo”, que codifican todas las proteínas virales, cada uno de los cuales utilizaremos para detectar interacciones con los plásmidos “presa”, que proporcionan proteínas o fragmentos de proteínas de la bacteria, obtenidas a partir de una librería genómica. Tanto genoma de HER1410 como las librerías genómicas generadas, una por cada orientación del dominio de unión a DNA requerido, se han secuenciado utilizando metodologías de secuenciación de última generación (NGS).

Todos los clones positivos obtenidos en el análisis mediante Y2H para cada gen viral serán etiquetados molecularmente para ser procesados y secuenciados de forma conjunta, para finalmente modelar la interacción virus-huésped mediante la aplicación de métodos bioinformáticos.

Nota: el profesor Modesto Redrejo Rodríguez es el investigador principal de este proyecto, desde el fallecimiento de doña Margarita Salas Falgueras, en noviembre de 2019.

 

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