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Proyectos de investigación

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Integración de estrategias genómicas y epigenómicas para el análisis de neoplasias linfoblásticas T en el contexto de una medicina individualizada de precisión

Medicina de precisión y cáncer

Investigador Principal: José Fernández Piqueras

Centro de investigación o Institución: Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa". CSIC-Universidad Autónoma de Madrid

Sinopsis

Las neoplasias linfoblásticas de células T precursoras constituyen un grupo muy agresivo de tumores que se originan a partir de timocitos inmaduros. A pesar de los éxitos conseguidos por la quimioterapia la cura de pacientes que ofrecieron resistencia y de los casos con recidivas no supera el 7% de los casos. Por tanto, existe la necesidad urgente de identificar nuevos biomarcadores que permitan el desarrollo de tratamientos más efectivos y menos tóxicos. Nuestro trabajo se centrará en la integración de técnicas genómicas (Whole-exome, RNA-Seq) y epigenómicas (BS-seq and Chip-seq) para buscar nuevas alteraciones genéticas y epigenéticas en el contexto de una medicina personalizada de precisión.

Aprovechando la enorme versatilidad del RNA-Seq, trataremos de identificar nuevos transcritos de fusión e isoformas generadas por “splicing” alternativos. También consideraremos la posibilidad de editado del RNA, comparando las secuencias génicas en genoma y transcriptoma, como una nueva fuente de biomarcadores de utilidad clínica. La arquitectura clonal de este tipo de neoplasias durante la evolución de los tumores (heterogeneidad intratumoral) se establecerá mediante la integración de estrategias genómicas en el contexto de células aisladas (single-cell Exome and RNA-seq), y el análisis de xenoinjertos derivados de pacientes en ratones inmunodeprimidos (PDXs). Finalmente, dado que los procesos de diferenciación de los timocitos están claramente influenciados por el tráfico de información genética vía exosomas, estudiaremos si este tráfico está alterado durante el desarrollo tumoral, y si esto puede servir como una nueva fuente de biomarcadores para mejorar el diagnóstico, pronóstico y tratamiento de este tipo de trastornos hematológicos.

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