Proyectos de investigación

Las enfermedades raras son difíciles de diagnosticar y tratar debido a su baja frecuencia en la población, lo que dificulta la comparación entre pacientes o la realización de ensayos clínicos consistentes. Las enfermedades raras pueden ser causadas por una amplia gama de mutaciones y, por lo general, presentan perfiles fenotípicos complejos.

Este proyecto pretende mejorar nuestra comprensión de múltiples enfermedades raras mediante un enfoque de colaboración multidisciplinar que involucra a grupos con diferentes áreas de experiencia en bioinformática e investigación clínica. A medida que comenzamos a comprender mejor estas patologías a nivel genético y molecular, se arroja luz sobre formas novedosas de intervenir terapéuticamente estas enfermedades.

Para lograr estos objetivos, este proyecto desarrolla varios enfoques computacionales, incluido el modelado y uso de redes biomédicas para identificar genes relacionados con la enfermedad y sus síntomas, los sistemas y vías genéticos subyacentes afectados, y para encontrar nuevas dianas y vías terapéuticas.

Hemos desarrollado un flujo de trabajo bioinformático para analizar datos transcriptómicos, centrándonos en los cambios de expresión génica asociados a los sistemas funcionales de las enfermedades raras de Lafora y PMM2-CDG (Jabato et al., 2021). También hemos avanzado en el desarrollo de un flujo de trabajo para el análisis transcriptómico de miRNA, que es capaz de predecir, en función de un análisis de correlación, aquellos genes cuya expresión diferencial está regulada por miRNA. También hemos implementado un flujo de trabajo basado en redes tripartitas de mutaciones-fenotipos-pacientes que nos ha permitido vincular fenotipos con genes y sistemas funcionales en pacientes y obtener grupos comórbidos de fenotipos patológicos, así como, identificar y validar cohortes de pacientes (Díaz-Santiago et al., 2020; Jabato et al., 2020; Díaz-Santiago et al., 2021; Rojano et al., 2021). Los resultados significativos obtenidos a partir de estos análisis bioinformáticos ahora se están probando experimentalmente.