Las enfermedades infecciosas tienen un alto impacto socioeconómico por sus efectos negativos en la salud y bienestar de los humanos y los animales domésticos, y en la producción agrícola y forestal. Además, cada vez hay más datos que indican que las enfermedades infecciosas pueden tener un papel importante en la composición y dinámica de los ecosistemas. Las enfermedades emergentes son aquellas cuya incidencia aumenta debido a cambios duraderos en su epidemiología tras invadir una población huésped, y su impacto en la población huésped suele ser particularmente grave. Ejemplos bien conocidos de enfermedades emergentes devastadoras en humanos son las pandemias de gripe de 1918 y de los años 1950, la pandemia actual de SIDA, y en otros animales las epidemias de mixomatosis o de fiebre hemorrágica, y de moquillo, que han diezmado al conejo europeo, y a la foca del Mar del Norte, respectivamente, en la segunda mitad del s. XX. El gran público es menos consciente de las enfermedades emergentes de plantas. Sin embargo, epidemias como las del mildiu de la patata en Europa a mediados del s. XIX, del tungro del arroz en Asia Sudoriental, o de la grafiosis del olmo en Eurasia, ambas en la segunda mitad del s. XX, han tenido consecuencias sanitarias, ecológicas, socioeconómicas y políticas de primer orden, comparables a las de las enfermedades humanas o animales más devastadoras.

La conciencia de la importancia de las enfermedades de las plantas ha aumentado en las circunstancias actuales, en que la humanidad se enfrenta a la necesidad de alimentar a una población creciente que demanda alimentos accesibles, sanos y de calidad. Este desafío debe de responderse atendiendo a severas limitaciones de sostenibilidad y de disminución de la superficie agrícola per cápita. Las enfermedades reducen la producción agrícola mundial un 15% de media. Las pérdidas de producción agrícola debidas a enfermedades son proporcionalmente mayores respecto a las causadas por los otros dos grandes grupos de agentes nocivos, plagas y malas hierbas, cuanto más tecnificada es la agricultura. Esto es debido a que se dispone de menos herramientas para controlar los patógenos que para controlar plagas y malas hierbas, y por ello la eficacia del control es menor. Entre los distintos grupos de patógenos la eficacia del control es mayor para los que se dispone de plaguicidas eficaces, como los hongos y oomicetos, que para aquellos que no, como los virus. Además de reducir la producción agrícola, las enfermedades de las plantas pueden ser factor limitante de la elección de cultivos y variedades por parte de los agricultores. Por último, las enfermedades disminuyen también la calidad de los productos agrícolas y de los alimentos derivados de ellos, aumentan los costes de producción, y las medidas de control a menudo conllevan la contaminación de los alimentos o del medio con productos tóxicos.

Al igual que en las enfermedades de humanos y animales, las enfermedades de las plantas más destructivas son las emergentes, que a menudo tienen impactos en la producción mucho mayores que las medias antes señaladas, y que alcanzan a la pérdida total de la cosecha. Un ejemplo típico es la enfermedad de la tristeza de los cítricos, causada por el virus del mismo nombre (Citrus tristeza virus, CTV). España es el país que más ha sufrido por esta enfermedad, con más de 40 millones de árboles muertos desde el primer brote epidémico, en 1956, hasta el año 2000, lo que representa más de un tercio de los naranjos y mandarinos. La mitad de estas pérdidas tuvo lugar entre 1957 y 1989, y la otra mitad entre 1990 y 2000. Esta aceleración de la epidemia se debió a un cambio en las poblaciones de pulgones, con un aumento de la densidad de población de la especie Aphis gossypii, un vector muy eficaz. Los aislados de CTV presentes hasta la fecha en España solo causan el decaimiento y muerte de los naranjos dulces y mandarinos injertados sobre naranjo amargo. Por ello, desde 1975 se puso en marcha un programa sanitario que obliga a plantar exclusivamente árboles certificados como libres de CTV e injertados sobre patrones tolerantes. Se han plantado más de 100 millones de árboles certificados, la mayoría injertados sobre citranjes (un híbrido de naranjo y un cítrico silvestre), lo que supone la sustitución de más del 75% de las plantaciones de naranjos, mandarinos y pomelos. Estas cifras dan clara idea del impacto de esta enfermedad en la citricultura española.

Desgraciadamente, el caso de la tristeza de los cítricos no es excepcional. Otros ejemplos de enfermedades emergentes en España en los últimos treinta años, tomados al azar, son el mildiu del girasol, causado por el oomiceto Plasmopara halstedii, la marchitez vascular del olivo, causada por cepas defoliantes del hongo Verticillium dahliae, el fuego bacteriano de los frutales causado por la bacteria Erwinia amylovora, la rizomania de la remolacha causada por el virus del mismo nombre (Beet necrotic yellow vein virus, BNYYV) o "la cuchara" del tomate causada por el complejo de los virus del rizado amarillo del tomate (Tomato yellow leaf curl virus). Aunque en algunos casos se han tomado a tiempo medidas estrictas de contención, que han impedido una catástrofe similar a la de la tristeza de los cítricos, a menudo la implantación del patógeno emergente ha condicionado el futuro de todo un cultivo. Por ejemplo, en ninguna de las regiones remolacheras de la Meseta se pueden cultivar actualmente variedades de remolacha que no lleven genes de resistencia a BNYVV.

Un caso específico de emergencia es la aparición de genotipos de patógenos que superan los factores de resistencia introducidos por la mejora genética en las variedades de los cultivos. El uso de la resistencia genética es en teoría la estrategia ideal para controlar una enfermedad: es barata, va dirigida específicamente contra un único patógeno y no tiene impactos ambientales por efectos sobre otros organismos o por generación de residuos tóxicos. Estas ventajas muy a menudo se ven contrarrestadas por una corta vida eficaz de las variedades resistentes. En efecto, el uso de la resistencia supone una presión de selección sobre las poblaciones del patógeno controlado, que evoluciona generando genotipos que superan la resistencia. Esto supone un grave problema a medio plazo por agotamiento de los genes de resistencia disponibles en variedades tradicionales o en parientes silvestres de los cultivos, y transferibles por métodos de mejora genética convencional (no transgénica). Los mecanismos que llevan a la superación de la resistencia, y porque unos factores de resistencia se han mostrado duraderos y otros (la mayoría) tiene una vida corta, es algo aun mal entendido.

Las enfermedades emergentes de las plantas tienen también efectos negativos sobre el medio ambiente, más difíciles de cuantificar económicamente que las causadas en cultivos, pero no irrelevantes para el bienestar humano. Así, la epidemia de grafiosis del olmo, enfermedad causada por el hongo Ophiostoma novo-ulmi, ha eliminado casi totalmente los olmos de las plazas de los pueblos, y de los sotos, del centro de España, y el decaimiento de los alcornoques y encinas compromete localmente la supervivencia de las dehesas.

La prevención de estos graves problemas fitopatológicos requiere entender los procesos que llevan a la emergencia de nuevos patógenos. La teoría epidemiológica predice que la emergencia de una enfermedad nueva es el resultado de la interacción compleja de múltiples factores, que a menudo conllevan cambios en la gama de huéspedes de los patógenos. Entre estos factores se cuentan los cambios en la ecología de las poblaciones de huéspedes, patógenos y vectores (por ej., en el tamaño, densidad, estructura y conectividad), y los cambios genéticos debidos a la evolución de huéspedes, patógenos y vectores. Estos factores están sometidos a la influencia de la actividad humana, y se predice que las condiciones actuales de cambio climático, aumento de la inestabilidad climática estacional, y comercio global intenso, favorezcan la emergencia de nuevas enfermedades.