A principios de agosto de 1936, el gobierno de la República encargó al oficial de Estado Mayor Francisco Ciutat la organización del Ejército del Norte, para integrar en un solo ejército las milicias (batallones de partido) que habían surgido en Asturias, Santander y Vizcaya-Guipúzcoa como respuesta al levantamiento militar del 18 de julio. Ciutat llegó a Santander el 4 de septiembre; el 14 de noviembre, la República nombró jefe del Ejército del Norte al general Llano de la Encomienda.

El Ejército del Norte existió, sin embargo, solo nominalmente. La concesión el 1 de octubre de 1936 de autonomía política a Euskadi (reducida ya prácticamente solo a Vizcaya) y la formación el día 7 del Gobierno vasco presidido por J.A. Aguirre trastocaron los proyectos sobre el Ejército del Norte. El gobierno vasco formó, paralelamente, el Ejército Vasco, sobre la base de la militarización de las milicias vascas y estructurado en batallones y no en divisiones y brigadas, un Ejército Vasco integrado inicialmente (noviembre de 1936) por 45 batallones y 40.000 hombres, con mandos propios, y no del Ejército del Norte. Las relaciones entre los mandos del Ejército del Norte y el gobierno vasco fueron extremadamente difíciles. El fraccionamiento del Ejército del Norte fue una realidad de hecho. Pudo ser también una de las causas de la caída del norte (Vizcaya, Santander, Asturias) en poder de las tropas de Franco: los “nacionales” habían tomado Guipúzcoa en septiembre de 1936.

La ofensiva “nacional” sobre Vizcaya, a cargo del general Mola y las Brigadas Navarras –en torno a 50.000 hombres—reforzadas por una Brigada de Flechas Negras italiana y por la Legión Cóndor alemana, comenzó el 31 de marzo de 1937 con el bombardeo de Durango y ataques de gran dureza contra las líneas vascas en los distintos frentes fijados desde noviembre de 1936: las divisorias entre Guipúzcoa y Vizcaya y entre Álava y Vizcaya (desde Villareal a Durango y Galdácano), la línea de costa desde Deva a Bermeo, y desde Burgos por Orduña y Llodio para aproximarse desde allí a Bilbao. La operación envolvente por Aramayona y Mondragón que a partir del 20 de abril llevó a cabo la I Brigada Navarra (García Valiño) provocó el hundimiento de todas las posiciones vascas escalonadas entre Guipúzcoa y Vizcaya. Guernica fue bombardeada el 26 de abril.

Pese a la durísima resistencia de las tropas vascas –reestructuradas en brigadas y divisiones muy tarde, a finales de mayo—a principios de junio de 1937, las fuerzas “nacionales” amenazaban ya Bilbao, desde el norte, el este y el sur-suroeste, un Bilbao defendido por un “cinturón de hierro” –un rectángulo de fortificaciones de cerca de 80 kilómetros de perímetro- construido por el gobierno vasco desde octubre de 1936. La abrumadora superioridad aérea de los nacionales y la superior capacidad militar de las Brigadas Navarras hicieron inútil la resistencia. Los nacionales entraron en Bilbao el 19 de junio de 1937.

Las tropas vascas se replegaron hacia Santander. La unidad de mando del Ejército del Norte, mandado desde finales de mayo de 1937 por el general Gámir Ulíbarri, siguió siendo inoperante. Los batallones nacionalistas vascos –unos 10.000 hombres- se rindieron separadamente a los italianos en Santoña en agosto. El gobierno vasco, y el ejército vasco bajo su mando, concibieron la guerra como una guerra vasca, limitada por ello a la propia territorialidad vasca.